Surge a la vida pública con la promulgación y publicación del Código Electoral para el Estado de Guanajuato, mediante decreto número 138 del H. Quincuagésimo Tercer Congreso Constitucional del Estado, publicado en el Periódico Oficial en fecha 27 de octubre de 1987, bajo la denominación de Tribunal de lo Contencioso Electoral, siendo un organismo de carácter administrativo y con plena autonomía para resolver los recursos de su competencia (apelación y queja).
Destaca en esa época, el que sus resoluciones no fueran definitivas, puesto que el Colegio Electoral de la Cámara de Diputados resolvía en última instancia, por lo que las determinaciones del Tribunal podían ser modificadas.
Se integraba con tres magistrados numerarios y dos supernumerarios, los cuales eran nombrados por el Congreso del Estado o la Comisión Permanente, para ejercer sus funciones en dos procesos electorales ordinarios sucesivos, sin perjuicio de poder ser ratificados. Fungía como su Presidente, el magistrado que designaba el Pleno para cada elección ordinaria.
En cuanto a su funcionamiento, el Tribunal actuaba en pleno, el cual conformaban los magistrados numerarios, quienes tomaban las resoluciones por mayoría de votos en sesiones públicas. Se instalaba e iniciaba sus funciones, a más tardar la primera semana del mes de abril del año de la elección y concluía al término del proceso electoral.
En posterior reforma publicada el 1 de febrero de 1991, mediante decreto número 168, del H. Quincuagésimo Cuarto Congreso Constitucional del Estado, se emitió un nuevo Código Electoral para el Estado de Guanajuato y con ello un nuevo Tribunal denominándosele Tribunal Electoral del Estado de Guanajuato.
Esta reforma que originó la creación de un nuevo código electoral, conservó el mismo carácter y naturaleza que desde el código de 1987 se le había conferido al Tribunal Electoral.
Con respecto a su integración, también se conservó de la misma manera. En cuanto a la designación de magistrados, la realizaba el Congreso del Estado o la Diputación Permanente a propuesta del titular del Poder Ejecutivo del Estado para ejercer sus funciones durante dos procesos electorales ordinarios, pudiendo ser reelectos, en cuyo caso el gobernador del Estado, proponía su ratificación o realizaba una nueva propuesta. Esa designación se realizaba a más tardar el 28 de febrero del año de la elección ordinaria.
Mediante reforma llevada a cabo en noviembre de 1994, surge a la vida pública un nuevo código electoral y con ella un nuevo Tribunal de la materia, bajo las denominaciones de: Código de Instituciones y Procedimientos Electorales para el Estado de Guanajuato y de Tribunal Estatal Electoral, respectivamente, misma que fue publicada en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado, en fecha 22 de noviembre de 1994.
Ello dio lugar a la modificación de la naturaleza jurídica de aquél, para adquirir la calidad de órgano autónomo y máxima autoridad jurisdiccional electoral de carácter permanente, con la modalidad de que a partir de entonces, daría definitividad a los actos y resoluciones de las diferentes etapas del proceso electoral.
Esta reforma extinguió el Colegio Electoral que conformaba la Cámara de Diputados, y con ello el surgimiento de un control eminentemente jurisdiccional.
Se compone de cinco Salas Unitarias que podrán ser regionales y por el Pleno.
El nuevo Tribunal se integraba por cinco magistrados propietarios y dos supernumerarios, cinco Salas Unitarias y el Pleno. Para cada proceso electoral se contaba con una Sala de Segunda Instancia, integrada por el Pleno de los magistrados propietarios, actuando en forma colegiada. En los recesos electorales solo funcionaban dos Salas Unitarias. Dicho Tribunal conocía de los recursos de revisión y apelación, procedimientos especiales de sanción y juicios laborales.
Con toda precisión se estableció un capítulo de atribuciones del Tribunal que antaño no existía, reafirmando así la importancia y trascendencia de un Tribunal Electoral. Para Guanajuato representó en esa época, un gran avance y evolución para la justicia electoral en la entidad.
La reforma del año 1999, no varió la competencia en el conocimiento de los asuntos y medios de impugnación del Tribunal Electoral; lo mismo aconteció con aquella otra reforma del año 2002, que no incidió tampoco en la competencia del Tribunal, ni en su naturaleza jurídica e integración.
Para el año 2008, se realiza una nueva reforma constitucional y legal, incorporándose al Tribunal Electoral la competencia para sustanciar y resolver en forma definitiva e inatacable las impugnaciones en materia de participación ciudadana, en vigor a partir del primero de noviembre de 2009.
Una de las novedades de esta reforma de 2008, estuvo orientada a la posibilidad de intervención de la autoridad electoral jurisdiccional en los asuntos internos de los partidos políticos estatales. Además, otra modificación consistió en el cambio de la denominación del Tribunal, para pasar a la de Tribunal Electoral del Estado de Guanajuato, conservando la misma naturaleza jurídica e integración.
En los años 2009 y 2010 se sucedieron una serie de cambios y modificaciones constitucionales y legales, a raíz de una nueva reforma, destacándose la eliminación de las candidaturas comunes; la prohibición para desempeñar un cargo de elección popular con otro cargo o empleo público y la invalidez de porciones normativas referidas a la integración de las fórmulas para candidatos a diputados y miembros de ayuntamientos.
