La Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos consagra a la justicia en dos sentidos: Como principio filosófico que se extiende a la protección de todo gobernado, es decir, como una garantía individual que protege el acceso a la justicia, y como elemento de la parte orgánica de la Constitución que crea un aparato de justicia, denominado genéricamente tribunales, que son precisamente los encargados de llevarla a cabo y ejecutarla.
Con la fundación de los gobiernos en las diversas entidades federativas con soberanía propia, fue necesario dar surgimiento a las constituciones particulares de los estados.
En el caso de Querétaro, la ley fundamental fue aprobada el 12 de agosto de 1825, en donde se delineaban los perfiles esenciales de la nueva forma de gobierno basada en la división de los poderes. Dicho ordenamiento dedicó una parte extensa a los órganos jurisdiccionales, por lo que la creación del Poder Judicial del Estado se remite a la promulgación de la primera Constitución del Estado, en donde se mencionaba que la función jurisdiccional sólo podría ser ejercida por los tribunales y órganos establecidos en ella, y una prohibición expresa para el Congreso del Estado y el Poder Ejecutivo de conocer de los negocios de los tribunales, lo cual se tradujo, desde entonces, en el principio de la división de las funciones del poder público.
La primera Ley Orgánica del entonces llamado Supremo Tribunal de Justicia, se expide el 30 de mayo de 1826.
Con el decreto de fecha 29 de mayo de 1826, se estableció la instalación del órgano jurisdiccional, lo cual sucedió el 3 de junio del mismo año.
La organización del Poder Judicial y su jerarquización era muy distinta a la actual y estaba a cargo de los siguientes órganos:
Supremo Tribunal de Justicia - Sujeto a un Tribunal-Jurado, integrado por doce queretanos nombrados por el Congreso.
El Supremo Tribunal era el órgano máximo del Poder Judicial, el cual se integraba por tres ministros y un fiscal, nombrados a través de un mecanismo de elección indirecta por las juntas electorales de distrito.
La primera elección, según decreto del 19 de noviembre de 1825, se verificó el tercer domingo de enero de 1826, quedando así integrado el primer Supremo Tribunal de Justicia del Estado.
La competencia del Supremo Tribunal prácticamente no era jurisdiccional ordinaria, sino un tribunal especial para conocer de las demandas civiles y criminales contra los diputados o de las causas contra el gobernador, vicegobernador y secretarios de despacho.
Estaba encabezado por un presidente y un vicepresidente, y funcionaba en pleno o en salas.
Tribunal de Tercera Instancia - compuesto por un magistrado nombrado por el Gobierno y por cuatro conjueces nombrados de común acuerdo por las partes.
Tribunal de Segunda Instancia - Integrado por tres magistrados y un fiscal nombrado por el Gobierno.
Juzgados de Letras - Existentes en cada uno de los distritos del Estado.
Jueces de paz - Que eran tribunales de menor jerarquía en la administración de justicia.
Hasta el tres de febrero de 1888, se da una reforma a la ley orgánica existente, en donde se modifica toda la estructura y organización del Poder Judicial, debido a la necesidad de los distritos, quedando como sigue:
7 juzgados de Primera Instancia (dos en la capital, uno de rama civil y otro de rama penal, y uno en cada uno de los distritos foráneos, los cuales tenían jurisdicción mixta)
4 juzgados menores.
Juzgados de Paz.
En la Ley Orgánica del Poder Judicial expedida el 14 de enero de 1928, el Tribunal Superior de Justicia quedó integrado por tres magistrados propietarios y 3 supernumerarios, conformándose tres salas que funcionaban de manera unitaria, una de las cuales conocía de la rama civil y las dos restantes de la rama penal.
En la Ley Orgánica del Poder Judicial expedida el 28 de diciembre de 1939, se incluye en la estructura del Poder Judicial el Tribunal de Menores y se estableció una sola sala, integrada por 3 magistrados, que funcionó de forma colegiada para conocer todos los asuntos.
En la Ley Orgánica del Poder Judicial expedida el 9 de enero de 1981, publicada en el periódico oficial "La Sombra de Arteaga" el día 15 del mismo mes, se excluye de la estructura del Poder Judicial el Tribunal de Menores, se crea un juzgado que conoce de materia Familiar y aumenta el número de Juzgados de Primera Instancia, quedando distribuidos de la siguiente forma:
3 juzgados de Primera Instancia Civil, 1 juzgado de lo Familiar y 3 de Primera Instancia penal en el Distrito Judicial de Querétaro; y en el Distrito Judicial de San Juan del Río un juzgado de Primera Instancia Penal y un juzgado de Primera Instancia Civil.
En la Ley Orgánica expedida el 27 de diciembre de 1985, publicada en el periódico oficial "La Sombra de Arteaga" el 2 de enero de 1986, continúa la misma organización del Poder Judicial, pero aumentan los magistrados a cinco; dos salas que conocían; una de la rama penal y otra de las ramas civil y familiar. Los juzgados aumentaron a cuatro civiles, dos familiares, cuatro penales en Querétaro, dos penales y uno civil en San Juan del Río, así como los de jurisdicción mixta.
Le Ley Orgánica del Poder Judicial expedida el 18 de octubre de 1991, publicada en el periódico oficial "La Sombra de Arteaga" el día 19 del mismo mes, continuó la organización ya mencionada, con la modificación de que aumentan los magistrados a siete.
En la Ley Orgánica del Poder Judicial expedida el 21 de febrero de 1997, publicada en el periódico oficial "La Sombra de Arteaga" el día 27 del mismo mes, se produjeron modificaciones por la creación de nueve juzgados, quedando la organización como sigue:
Tribunal Superior de Justicia: Con diez magistrados y tres salas (civil, penal y electoral)
Treinta juzgados de Primera Instancia (Querétaro: diez civiles, cuatro familiares, ocho penales; San Juan del Río: dos civiles, dos penales; Mixtos: en Amealco, Cadereyta, Jalpan y Tolimán.
Diecinueve juzgados mixtos municipales: Amealco, Arroyo Seco, Cadereyta, Colón, Corregidora, El Marquez, Ezequiel Montes, Huimilpan, Jalpan, Landa de Matamoros, Pedro Escobedo, Peñamiller, Pinal de Amoles, San Juan del Río, San Joaquín, Tequisquiapan, Tolimán y dos en Querétaro
Además se estableció que los titulares de los juzgados municipales fueran profesionistas del derecho y no simplemente con conocimientos empíricos que no garantizaban a la ciudadanía un eficiente desempeño de sus funciones.
Los Juzgados Mixtos Municipales conocen de asuntos civiles y mercantiles cuya cuantía no exceda el importe de trescientos días de salario mínimo general, sin que puedan conocer de asuntos de jurisdicción voluntaria, a excepción de los depósitos de renta dentro de la cuantía señalada, así como de procesos relativos a delitos cuya pena no exceda de dos años de prisión o cuya multa sea inferior a veinte días de salario mínimo.
La Ley Orgánica del Orgánica del Poder Judicial vigente se publicó en el Periódico "La Sombra de Arteaga" el 26 de mayo de 2006. Entre las reformas destacan: se establece que el presidente del Tribunal Superior de Justicia será electo de entre los magistrados propietarios por mayoría absoluta de votos, de forma secreta y ampliando a dos años más el período de duración en dicho cargo sin posibilidad de reelección inmediata y se constituye una excepción al voto de calidad del Presidente del Tribunal para garantizar la independencia del magistrado que resulte electo; que para garantizar la imparcialidad en la impartición de justicia y el turno aleatorio de las demandas y promociones dirigidas a los juzgados, se prohíbe a la oficialía de partes que cancele la recepción de documentos; que se establece un sistema por cuanto ve al número de Salas que habrán de formar parte del Poder Judicial y en particular la facultad del Pleno para constituirlas de manera temporal o permanente, definir su integración, funcionamiento y atribuciones, así como determinar la forma en que deban prestarse auxilio.
Asimismo, entró en funciones una nueva Sala Civil, y la Sala Electoral presta auxilio a la Sala Penal, quedando la integración como sigue: Dos salas Civiles, una Sala Penal y una Sala Electoral en auxilio de la penal cuando no sea período de elecciones.
A la fecha, se cuenta con treinta y un juzgados de Primera Instancia y veintiún mixtos municipales para atender a una población estatal de un millón cuatrocientos cuatro mil trescientos seis habitantes, según los datos censales que aporta el INEGI para el año 2000.
De acuerdo con el aludido dato censal, existe un Juzgado de Primera Instancia por cada cuarenta y tres mil trescientos habitantes, y un juzgado mixto municipal por cada setenta mil doscientos cincuenta y un habitantes. Es evidente que a la fecha este número de habitantes se ha incrementado considerablemente en los últimos años por el desarrollo industrial, empresarial y urbano que es palpable en la entidad.