El Tribunal Electoral del Estado de Chiapas, fue creado por decreto No. 2, publicado en el Periódico Oficial número 47 de fecha 25 de Noviembre de 1987, integrado en un inicio por tres magistrados numerarios y dos supernumerarios en los términos de lo dispuesto por la Constitución y el Código Electoral.
Desde entonces el artículo 19 de la Constitución Política del Estado ha sufrido diversas reformas, entre las cuales, destaca la de fecha 08 de Octubre de 1990, en la que se faculta al Tribunal para conocer de impugnaciones, pero como órgano administrativo en materia electoral, funcionando en pleno y resolviendo en una sola instancia.
En 1994 se publica por primera vez en el Periódico Oficial número 351 de fecha 23 de noviembre, el Reglamento Interno del Tribunal Electoral del Estado de Chiapas, donde además se integra por un Secretario General de Acuerdos y del Pleno, un Secretario para cada Sala, un Actuario, Abogados Auxiliares y el personal de apoyo para su buen funcionamiento.
Se hace por primera vez la división de las Salas, para los efectos de distribución de los asuntos jurisdiccionales, quedando con dos Salas denominadas “A” y “B”.
Por decreto No. 172 de fecha 29 de Abril de 1995, se le otorga al Tribunal Electoral del Estado, personalidad jurídica y patrimonio propios, con plena autonomía y se le atribuye el carácter de permanente, facultándolo para calificar las elecciones en el ámbito de su competencia.
Por disposición del Reglamento Interior del Tribunal Electoral del Estado de Chiapas, en tiempos electorales se crean las Salas Unitarias con jurisdicción territorial y temporalidad limitada.
Mediante decreto 174 publicado en el Periódico Oficial del Estado número 028-2ª sección de fecha 16 de mayo de 2007, el Constituyente Permanente, aprobó reformar diversas disposiciones de la Constitución Política del Estado de Chiapas y señala que el Tribunal de Justicia Electoral y Administrativa del Poder Judicial del Estado de Chiapas, inicia sus funciones a partir del 02 de enero de 2008.
